Il 23 luglio del 1998, il Bravo Team della divisione S.T.A.R.S. viene inviato sulle montagne Arklay per investigare su una serie di strane aggressioni e omicidi.

L'elicottero su cui viaggia la squadra però ha un'avaria e il pilota Edward Dewey è costretto ad atterrare nella foresta.

 

L'elicottero è ormai inutilizzabile e la squadra decide quindi di indagare nei paraggi.

Durante la ricerca trovane un furgone penitenziario ribaltato e due poliziotti morti all'interno.

Dalla documentazione la squadra capisce che all'appello manca l'ex tenente dei marine Billy Coen che doveva scontare una condanna a morte per aver ucciso 23 persone.

Uno dei membri del Bravo Team, Enrico Marini, ordina quindi alla squadra di stare attenti e di catturare il fuggiasco che viene ritenuto responsabile della morte dei due poliziotti.

 

Proseguendo l'esplorazione, Rebecca Chambers, medico e membro più giovane della squadra trova un treno della Umbrella Corporation fermo e stranamente silenzioso e decide di ispezionarlo.

All'interno però viene attaccata dai passeggeri che sembrano essere diventati zombie.

 

Proseguendo poi incontra nuovamente Edward Dewey che irrompe ferito dalla finestra e mette in guardia Rebecca da alcuni cani mutanti che sembrano infestare la foresta e poi si accascia morente.

Alcuni di questi cani irrompono nel vagone ma la ragazza riesce a sbarazzarsene.

 

Rebecca incontra poco dopo Billy che però sembra non voler collaborare o farsi arrestare.

La ragazza decide quindi di ispezionare il piano superiore del vagone ristorante, dove trova un uomo apparentemente vivo ma che poi si rivela essere un insieme di sanguisughe che sembrano essere riuscite ad assumere l'aspetto di un essere umano che all'improvviso si disgregano e attaccano Rebecca che si salva solo grazie al pronto intervento di Billy. Solo a questo punto Billy decide di collaborare con Rebecca.

 

Subito dopo il treno riprende la sua corsa e i due scorgono su un'altura uno strano tizio che cantando richiama a se una grande quantità di sanguisughe.

 

I due arrivano alla locomotiva dopo aver abbattuto uno scorpione gigante e lì trovano i cadaveri dei soldati Umbrella che avevano riattivato il treno.

Quest'ultimo però è fuori controllo e si dirige a tutta velocità verso la fine dei binari.

È il momento quindi di attivare i freni di emergenza anche se questo non impedisce al treno di deragliare.

 

Nonostante questo, i due sopravvivono all'incidente e rinvengono in una struttura alla fine dei binari che scoprono essere il Centro di Addestramento dell'Umbrella Corporation. Nell'atrio trovano un grande quadro di quello che Billy riconosce in James Marcus. Il Centro fu abbandonato dopo la morte di Marcus e di recente la Umbrella aveva deciso di rimetterlo in funzione (il treno era infatti pieno di scienziati diretti proprio lì).

 

Dalle indagini emerge che la Umbrella stava lavorando a delle armi biologiche (B.O.W.) con esperimenti su animali ed umani. A capo del progetto c'era proprio Marcus.

I due affrontano i pericoli nella villa uniti e questo non fa altro che creare tra loro un legame sempre più forte. Cosicchè Billy decide di raccontarle la sua versione dei fatti: l'anno prima era in missione con la sua squadra in Africa in cerca di alcuni guerriglieri. Alcuni dei suoi compagni morirono per il caldo e degli altri per le imboscate subite. Lui e altri 3 compagni, arrivarono infine in un villaggio di civili e presto capirono che le informazioni in loro possesso erano sbagliate e non c'era nessun villaggio di guerriglieri. Il comando però ordinò loro di attaccare ugualmente per non tornare a mani vuote.

Billy però si rifiutò e fu tramortito dai suoi compagni che portarono a termine la missione incolpando però lui dell'assalto, cosa che lo portò alla condanna alla pena capitale. Continuando, rivela a Rebecca che anche i poliziotti all'interno del furgone penitenziario erano morti per colpa dei cani mutanti.

 

I due arrivano quini all'osservatorio, e dopo aver abbattuto un pipistrello gigante, si introducono nel Laboratorio della Umbrella.

 

All'interno però una scimmia infetta attacca Billy che cade in un canale di scolo dell'acqua.

Rebecca corre quindi a cercarlo ma arrivata all'ascensore incontra Enrico, che la informa che la squadra Bravo si sta radunando in una villa nei paraggi.

La ragazza però ormai conscia dell'innocenza di Billy, non dice ad Enrico di averlo trovato e di essere intenzionata a cercarlo proseguendo l'esplorazione.

Enrico la lascia proseguire e poco dopo Rebecca si imbatte in un altro mostro, il Tyrant-001.

Rebecca ritrova finalmente Billy ma i due fanno una macabra scoperta: la stanza contiene i cadaveri delle cavie del Dottor Marcus, come già detto non solo animali ma anche esseri umani.

 

Poco dopo ne fanno la conoscenza ed egli rivela loro di essere stato ucciso, su ordine di Spencer, dieci anni prima, da un gruppo di agenti Umbrella. Il corpo di Marcus fu gettato nel canale di scolo, ma le sanguisughe trattate con il Virus-T che Marcus aveva allevato e curato come fossero sue figlie, entrarono nel suo corpo e riportandolo in vita. Decise quindi di attaccare la Umbrella colpendo il treno e scatenando un epidemia con le sanguisughe che riesce a controllare grazie alla sanguisuga madre nel suo corpo.

 

Le sanguisughe all'interno del corpo di Marcus però si ribellano fino ad avvolgerlo completamente e a trasformarlo in una sanguisuga antropomorfa armata di tentacoli.

 

I due riescono ad abbattere la creatura e fuggono su un ascensore poco prima che la struttura esploda.

 

Albert Wesker e William Birkin avevano intenzione di attirare il Team Alpha per vedere il comportamento del virus contro del personale addestrato alla battaglia.

 

Rebecca e Billy raggiungono infine un magazzino dove vengono attaccati dalla sanguisuga regina che sembra resistere ai colpi. L'unico modo che hanno per abbatterla sembra essere l'esposizione alla luce solare.

I due quindi sbloccano le serrature del tetto e la creatura arretra. Billy a quel punto fa fuoco con un revolver speciale spingendo la creatura di nuovo giù per la tromba dell'ascensore dove viene inghiottita dalle fiamme dell'esplosione.

 

I due quindi si ritrovano su una collina dalla quale si scorge la villa menzionata da Enrico Marini. Rebecca quindi dice a Billy di dover proseguire ma che per lei

Billy Coen è ufficialmente morto, lasciandolo libero di scappare via. Dopo un malinconico saluto militare, Rebecca si gira decisa a raggiungere la villa consapevole che tra i due è nato qualcosa di più profondo di una semplice amicizia.